Nationalt Center for Skoleforskning består af et netværk af forskere, der gennemfører projekter tilknyttet centret, herunder medarbejdere ved DPU og eksterne nationale og internationale samarbejdspartnere. Centret ledes af en centerleder og en vicecenterleder. Centerlederen varetager i øjeblikket formandskabet for IEA.

NCS samarbejder tæt med Børne- og Undervisningsministeriet om planlægning, gennemførelse og national forankring af de internationale storskalaundersøgelser i regi af IEA. Dette samarbejde sikrer sammenhæng med nationale vidensbehov og skolepolitiske prioriteringer.

Centrets forskningsaktiviteter organiseres i tæt relation til DPU’s forskningsprogram EDU-EQUAL - Evaluation of educational effectiveness and inequality, som analyserer sociale forskelles betydning for elevers begrænsninger og muligheder.

Endvidere samarbejder NCS med Center for Humanities Computing om håndtering af komplekse, storskala-datamaterialer. Samarbejdet styrker centrets analytiske kapacitet og bidrager til at sikre robuste og reproducerbare forskningsdata.