Louise Bøttchers forskning fokuserer på betydningen af sociale og pædagogiske rammer for læring og udvikling hos børn og unge med handicap, særligt cerebral parese, kommunikative handicap og diagnoser som ADHD og autisme spektrum forstyrrelser. Hun har undersøgt betydningen af kommunikative handicap set i forhold til kommunikations-teknologier og de samfundsmæssige rammer. Aktuelt arbejder hun med hvordan højere uddannelsesinstitutioner kan blive mere inkluderende.   

Louise Bøttcher underviser på kandidatuddannelsen i pædagogisk psykologi, hvor hun er fagansvarlig og forelæser for modulerne "Teoretiske og analytiske perspektiver på pædagogisk psykologi" og "Test og udredningsmetoder i pædagogisk psykologi". 

Louise Bøttcher er Bevica Fellow 2023-2024 og del af Bevica's Universal Design Hub Alumne netværk.

Samarbejde med forskere fra Institut for psykologi, Københavns Universitet og Center for Børns litteratur og medier, Aarhus Universitet.

Louise Bøttcher har bl. a. forskningssamarbejde med Elsassfonden.