En stor del af forskningen ved DPU foregår i regi af en række forskningsprogrammer, der tematisk og organisatorisk danner rammen for forskningsprojekter og -aktiviteter.
Forskningen på DPU er bygget op omkring stærke videnskabelige perspektiver på pædagogik og uddannelse:
Didaktiske (fag- og almendidaktiske)
Psykologiske
Sociologiske
Filosofiske
Antropologiske
Hertil kommer tværdisciplinær forskning, rettet mod bestemte og afgrænsede pædagogiske genstandsfelter, med dagtilbud og skolen som nogle af de største og mest centrale.